故事发生在明末天启年间，左氏兄弟因陷入九千岁魏忠贤设下的阴谋，而分别拜入墨家、公输家学习机关术，然短暂的反目成仇并没有影响因大义重归于好，因怜悯天下苍生之疾苦，将墨家、公输家合为“神机门”一派，并率有志之士一起拯救黎民于水火。